Το ΚΕΝΙ διοικείται από τριμελή Διοικούσα Επιτροπή (Δ.Ε.) η οποία ορίζεται από την Κοσμητεία της Σχολής Πολιτικών Επιστημών, ύστερα από εισήγηση της Συνέλευσης του Τμήματος Πολιτικής Επιστήμης και Ιστορίας, μετά από πρόταση του Τομέα Νεότερης Ιστορίας.
Η Δ.Ε. έχει τριετή θητεία η οποία δύναται να ανανεωθεί με απόφαση της Κοσμητείας.
Μέλη της Δ.Ε. είναι:
- Ανδρέας Λυμπεράτος, αναπλ. καθηγητής (διευθυντής)
- Χριστίνα Κουλούρη, καθηγήτρια
- Στέφανος Παπαγεωργίου, ομότιμος καθηγητής
Χρέη επιστημονικής γραμματείας έχει αναλάβει ο Δρ. Κώστας Κατσάπης (ΕΔΙΠ) [Επικοινωνία: Αυτή η διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου προστατεύεται από τους αυτοματισμούς αποστολέων ανεπιθύμητων μηνυμάτων. Χρειάζεται να ενεργοποιήσετε τη JavaScript για να μπορέσετε να τη δείτε. ]